Наставни процес на другом циклусу студија у оквиру студијског програма Аграрна економија и рурални развој (Мастер студиј) одвија се на два усмјерења и то: Агробизнис и Рурални развој И, који студентима омогућава стицање практичних и теоретских знања из већег броја пољопривредних, економских и друштвених наука. На мастер студију студенти се образују за стручни и научни рад у области економике пољопривреде и руралног развоја. Трајање мастер студија је двије године односно четири семстра. Настсвни план се састоји од 15 предмета, стручног пројекат и завршног (мастер) рада. Завршни рад се вреднује са 20 ЕЦТС бодова, чиме студент остварује 120 ЕЦТС.
Као резулата партиципације, наставног кадра студијског програма Аграна економија и рурални развој, у ТЕМПУС пројекту под називом “Успостављање савјетодавне мреже за рурални развој у земљама западног Балкана” успостављен је и организован једногодишњи мастер студија (60 ЕЦТС) из руралног развоја (Рурални развој ИИ). Настава на овом усмјерењу мастер студија се изводи по идентичном плану и програму на универзитетима у Бањој Луци, Новом Саду, Тетову и Тирани, а под менторством универзитета у Редингу, Вахенингену, Ослу и Прагу. Завршетком ИИ циклуса академских студија (мастер студиј) на усмјерењу Агробизнис студент стиче звање мастер агробизниса- 300 ЕЦТС, а по окончању усмјерења Рурални развој И или ИИ додјељује му се звање мастер руралног развоја – 300 ЕЦТС.
Студијски програм Анимална производња са студијама другог циклуса на Пољопривредном факултету Универзитета у Бања Луци је основан 2006. године. Разлог оснивања студијског програма другог циклуса Анимална производња јесте стицање специјалистичких знања у појединим ужим научним областима за којима постоји суштинска друштвена потреба.На студијском програму Анимална производња студије су дефинисане по систему 3+2+3. Други циклус студија се одвија у оквиру два усмјерења и то:
Безбједност хране анималног поријекла у ланцу пољопривредне производње и Сточарство.
Настава на другом циклусу студија траје двије године, односно четири семестра. Оптерећење по семестру је 30 ЕЦТС бодова, односно 60 ЕЦТС бодова за академску годину, тако да студент током студирања на другом циклусу студија оствари укупно 120 ЕЦТС бодова, што са првим циклусом чини укупно 300 ЕЦТС. Наставни план чине обавезни и изборни наставни предмети, стручни пројекат и магистарски (завшни рад).
Академски називи који се стичу по завршетку другог циклуса академских студија на усмјерењима Анимална производња су: мастер анималне производња и мастер сточарства. Одбраном мастер рада студенти стичу право да се запосле у звању руководиоца анималне производње на фармама мањег или већег капацитета свих животињских врста у приватном и државном сектору, или стечено знање могу примјенити и у научним, стручним и државним институцијама, којима је примарно, односно секундарно истраживање анимална производња.