Nastavni proces na drugom ciklusu studija u okviru studijskog programa Agrarna ekonomija i ruralni razvoj (Master studij) odvija se na dva usmjerenja i to: Agrobiznis i Ruralni razvoj I, koji studentima omogućava sticanje praktičnih i teoretskih znanja iz većeg broja poljoprivrednih, ekonomskih i društvenih nauka. Na master studiju studenti se obrazuju za stručni i naučni rad u oblasti ekonomike poljoprivrede i ruralnog razvoja. Trajanje master studija je dvije godine odnosno četiri semstra. Nastsvni plan se sastoji od 15 predmeta, stručnog projekat i završnog (master) rada. Završni rad se vrednuje sa 20 ECTS bodova, čime student ostvaruje 120 ECTS.
Kao rezulata participacije, nastavnog kadra studijskog programa Agrana ekonomija i ruralni razvoj, u TEMPUS projektu pod nazivom “Uspostavljanje savjetodavne mreže za ruralni razvoj u zemljama zapadnog Balkana” uspostavljen je i organizovan jednogodišnji master studija (60 ECTS) iz ruralnog razvoja (Ruralni razvoj II). Nastava na ovom usmjerenju master studija se izvodi po identičnom planu i programu na univerzitetima u Banjoj Luci, Novom Sadu, Tetovu i Tirani, a pod mentorstvom univerziteta u Redingu, Vaheningenu, Oslu i Pragu. Završetkom II ciklusa akademskih studija (master studij) na usmjerenju Agrobiznis student stiče zvanje master agrobiznisa- 300 ECTS, a po okončanju usmjerenja Ruralni razvoj I ili II dodjeljuje mu se zvanje master ruralnog razvoja – 300 ECTS.
Animalne nauke
Studijski program Animalna proizvodnja sa studijama drugog ciklusa na Poljoprivrednom fakultetu Univerziteta u Banja Luci je osnovan 2006. godine. Razlog osnivanja studijskog programa drugog ciklusa Animalna proizvodnja jeste sticanje specijalističkih znanja u pojedinim užim naučnim oblastima za kojima postoji suštinska društvena potreba.Na studijskom programu Animalna proizvodnja studije su definisane po sistemu 3+2+3. Drugi ciklus studija se odvija u okviru dva usmjerenja i to: Bezbjednost hrane animalnog porijekla u lancu poljoprivredne proizvodnje i Stočarstvo. Nastava na drugom ciklusu studija traje dvije godine, odnosno četiri semestra. Opterećenje po semestru je 30 ECTS bodova, odnosno 60 ECTS bodova za akademsku godinu, tako da student tokom studiranja na drugom ciklusu studija ostvari ukupno 120 ECTS bodova, što sa prvim ciklusom čini ukupno 300 ECTS. Nastavni plan čine obavezni i izborni nastavni predmeti, stručni projekat i magistarski (zavšni rad). Akademski nazivi koji se stiču po završetku drugog ciklusa akademskih studija na usmjerenjima Animalna proizvodnja su: master animalne proizvodnja i master stočarstva. Odbranom master rada studenti stiču pravo da se zaposle u zvanju rukovodioca animalne proizvodnje na farmama manjeg ili većeg kapaciteta svih životinjskih vrsta u privatnom i državnom sektoru, ili stečeno znanje mogu primjeniti i u naučnim, stručnim i državnim institucijama, kojima je primarno, odnosno sekundarno istraživanje animalna proizvodnja.